| 
 | 
 | 
                    
 | 
 

Работаем с программой 3Д-Динофлагеллята

Назад

Сегодня мы поговорим о том, как пользоваться программой 3Д-Динофагеллята: рассмотрим список таксонов, узнаем про цветовую индикацию и определимся с размерами. Программу можно скачать с сайта 3d-microalgae.org. Инсталлятор программы заархивирован. Если в прошлый раз вам не удалось загрузить программу, попробуйте сделать это снова.

 

Интерфейс


 

Окно программы разделено на две области: слева находится список таксонов, справа – большое пустое пространство, над которым расположены маленькие изображения форм панцирей динофлагеллят. Над списком таксонов расположен выпадающий список с названиями родов микроводорослей. Он служит для быстрого перехода к первому таксону выбранного рода.

 

 

Выберите из списка таксонов любой вид.

 

 

Программа переключилась на модель, которая соответствует форме панциря вида. В центре видна крупная схема измерения панциря организма с буквенными обозначениями мест промеров. Левее – изображения (иконки) моделей похожей формы, которые отличаются составом элементов или расположением мест промеров. Вверху напечатано название активного (выбранного) вида, рядом с ним, в скобках, указано значение коэффициента эллиптичности. Это же значение занесено в поле k в правой части окна.

 

Цветовая индикация

Некоторые названия таксонов помечены цветом. 3Д-Динофлагеллята использует цвет для обозначения таксонов, у которых форма панциря похожа на выбранную модель.

 

 

Активный вид в списке таксонов отмечен желтым цветом и его название напечатано в верхней части окна.

Модель, имитирующая форму панциря активного вида, нарисована в центре окна. Ее иконка такая же желтая, как и активный вид.

Виды по форме похожие на активный вид в списке таксонов отмечены светло-желтым.

Выберите другую модель.

 

 

Название активного вида осталось прежним, но теперь в списке таксонов он отмечен голубым цветом, потому что форма его панциря отличается от формы активной модели. Иконка модели, совпадающей с формой активного вида, осталась желтой. Виды, форма панцирей которых соответствует форме активной модели, как и прежде подсвечены светло-желтым. Таким образом программа применила правила цветовой индикации.

 

  • Светло-желтым выделены таксоны, форма которых соответствует форме активной модели, нарисованной в центре окна.
  • Светло-желтым выделена иконка модели, форма которой соответствует активному таксону.
  • Активный таксон отмечен желтым (если модель соответствует форме его панциря) или голубым (в ином случае).
  • Название активного таксона написано в верхней части окна.

 

Описанные цветовые пометки носят рекомендательных характер. Для расчета характеристик таксона вы можете использовать любую модель. Выбранный таксон всего лишь определяет значение коэффициента эллиптичности, который важен для вычисления толщины модели.

Будьте внимательны: когда вы выбираете модель, степень ее сплюснутости (эллиптичности) становится равной значению коэффициента эллиптичности активного таксона.

 

 


 

Степень эллиптичности модели равна значению коэффициента эллиптичности активного таксона


 

 

Размеры организма

Размеры организма заносятся в группу полей находящихся в правой части окна программы. Обычно первое поле группы обозначено символом k – оно содержит значение коэффициента эллиптичности, сюда можно занести любое значение не превосходящее единицы. Некоторые размеры можно не измерять. Это ширина окончаний рогов или вершин панцирей динофлагеллят. В соответствующее поле нужно ввести ноль. Для удобства восприятия размерное поле остается пустым – ноль в нем не отображается.

 

 

Геометрические модели по форме распределены на несколько групп. Модели из одной группы имеют одинаковые буквенные обозначения размеров.

 

 

Измерения микроорганизма удобно выполнять по фотографиям с помощью ИмеджДжи. Позже расскажу как это сделать. Если фотографии нет, можно измерять под микроскопом.

Вводим размеры модели и нажимаем кнопку «Вычислить».

 

Если измерения выполнены правильно, внизу появятся значение объема (V, мкм3) и площади поверхности (A, мкм2) подчеркнутые линией. Их можно скопировать в буфер обмена, кликнув мышкой на подчеркнутом значении или нажав клавиши Ctrl+Z для копирования объема или Ctrl+X для копирования площади поверхности.

На этом все.

 


 

 

От автора

Мне кажется, что используемая цветовая индикация перегружена желтым. Ее можно сделать более понятной. Присылайте свои идеи о том, как раскрасить список таксонов и связанных с таксонами моделей. Одна из рассылок будет посвящена рассмотрению присланных предложений, а наилучшее из них будет реализовано в следующей версии программы. Ваши вопросы и предложения я жду по адресу Этот e-mail адрес защищен от спам-ботов, для его просмотра у Вас должен быть включен Javascript .

В следующем выпуске мы поговорим о коэффициенте эллиптичности.

 

Источник: http://3d-microalgae.org

  • PDF